Com o aproximar do final da escola secundária, a enérgica, mas cabeça no ar, Kitashirakawa Tamako só tem uma preocupação: conseguir a melhor actuação no Festival de Marcha de Usagiyama. Mas não demora a ser confrontada com a realidade de que todas as suas amigas têm planos para o futuro, ao contrário de si que se vê a trabalhar no restaurante da família. Sob o mesmo céu brilhante, Ooji Mochizou pretende ir estudar para a universidade de Tóquio, deixando para trás família, amigos, e o seu primeiro e único amor, Tamako. Infelizmente, este tímido admirador não consegue declarar o seu amor e Tamako não compreende o que causa tanta angustia neste seu amigo. Com o tempo a esgotar-se, Mochizou deve confessor os seus sentimentos ou jamais verá concretizado o seu sonho de um romance.

A existência de "sub-humanos" que instantaneamente regeneram os seus corpos, não importa como morram, é um sonho da humanidade e tem um valor de utilidade infinito. Até agora, 46 sub-humanos foram confirmados no mundo sendo 2 no Japão, mas um dia, Kei Nagai, um estudante do secundário, regenerou-se imediatamente após morrer em um acidente de trânsito, e assim foi descoberto que ele era o terceiro sub-humano no Japão... Kei será perseguido pela polícia, pelo Comitê Administrativo dos "sub-humanos" e por todas as pessoas que procuram o ganhar o prêmio em dinheiro colocado sobre a cabeça dos "sub-humanos".

Para o colegial Kei - e para pelo menos 46 outras pessoas - a imortalidade é a surpresa mais desagradável de todas. Infelizmente para Kei, tal feito não o torna um super-herói. Aos olhos do público em geral e dos governos, ele é um espécime raro que precisa ser caçado e entregue aos cientistas para fazer experiências para a vida - um semi-humano que deve morrer mil mortes para o benefício da humanidade.

Para o colegial Kei - e para pelo menos 46 outras pessoas - a imortalidade é a surpresa mais desagradável de todas. Infelizmente para Kei, tal feito não o torna um super-herói. Aos olhos do público em geral e dos governos, ele é um espécime raro que precisa ser caçado e entregue aos cientistas para fazer experiências para a vida - um semi-humano que deve morrer mil mortes para o benefício da humanidade.

Ano 3394. O sistema solar foi destruído há muito tempo por uma estranha raça alienígena chamada Gauna. Agora os humanos mal conseguem manter a população nas suas naves de sementes - aquelas que eles também usaram para escapar há mil anos. Depois de vários anos à deriva pelo espaço, Sidonia, uma nave semeadora com uma população de mais de 500.000 pessoas, é mais uma vez ameaçada por Gauna. Siga Tanikaze Nagate, um jovem misterioso dos cantos mais profundos do navio, e seus amigos enquanto eles tentam contra-atacar essas criaturas gigantescas e ao mesmo tempo aprender o que elas realmente são para o bem da sobrevivência da humanidade.

A história passa-se num futuro distante, onde os seres humanos restantes vivem dentro de um perigoso e gigantesco labirinto chamado de "Mega Estrutura", que ficou totalmente fora de controle. No meio disso tudo, conhecemos Killy, um homem misterioso e de poucas palavras que está determinado a salvar a humanidade do esquecimento.

Num mundo utópico e futurista, onde a humanidade adquiriu a vida eterna, uma jovem agente de alto escalão da principal empresa de saúde do mundo investiga uma onda de suicídios.

Depois que a Terra foi destruída por misteriosas formas de vida alienígenas conhecidas como Gauna, os remanescentes sobreviventes da raça humana escaparam para o espaço na enorme nave de geração Sidonia. Tendo vagado pelo espaço por milênios, o Sidonia se viu mais uma vez sob ataque de Gauna pela primeira vez em um século. Mais uma vez enfrentando a ameaça de extinção, uma vitória temporária contra os Gauna foi alcançada graças ao híbrido humano-Gauna Tsumugi Shiraui e ao ás piloto mecha Guardião Nagate Tanikaze. 10 anos depois... O povo de Sidonia desfruta de uma breve pausa. Dias pacíficos passam, durante os quais Tsumugi começa a perceber seus sentimentos por Nagate, que agora é celebrado como um herói de Sidonia. No entanto, como o capitão Kobayashi sempre soube, enquanto os Gauna permanecerem, a paz não poderá durar. A decisão está tomada: uma batalha final, sobre a qual depende o destino dos últimos sobreviventes da humanidade.

A estação é outono e a cidade de Neo-Venezia está coberta de folhas caídas. Algo está incomodando Anya, que trabalha no Orange Planet. Suas colegas mais velhas, Alice e Athena, não se viram devido à agenda lotada, o que está fazendo Athena Mas, por algum motivo, Alice parece evitá-la completamente. Com a ajuda de suas amigas Ai e Azusa, Anya tenta encontrar uma maneira definitiva de Alice e Atenas se encontrarem. Mas durante esse tempo, Anya fica sabendo de uma situação que só ela pode ver por causa de onde ela está.