No ano 2387, o planeta Maris é considerado uma Segunda Terra, onde há uma grande colônia de seres humanos. Neste ano Maris é invadida pelo império Noza, que inicia um violento ataque aos habitantes do planeta. O objetivo dos Nozas é usar o planeta para perpetuar a espécie, antes que a última geração pereça. Mas a situação começa a mudar quando são encontradas três pistolas com alto poder de fogo, que recebem o nome Zillion. É formada uma equipe especial com três agentes de elite que terão a missão de enfrentar os Nozas (Champ, Apple e J.J.). O esquadrão, liderado pelo chefe Gordon, recebe o nome de White Knights. O império Noza era comandado pela Rainha Adamis e pelo Barão Ricks.

No futuro distante, a humanidade tem explorado além da Terra e colonizado os planetas interiores e exteriores do Sistema Solar. A fim de proteger as colónias e manter a lei e a ordem no sistema solar, a Federação da Terra foi criada. Logo, muitos colonos começaram a ressentir-se da Federação e da sua esfera de influência, dificultando a relação entre o governo central e as colónias. Enquanto uma paz tensa estava a ser forjada entre a Terra e as colónias, uma raça de criaturas não-humanas conhecidas como Deathcula invadiu o sistema. Sem provocação, eles atacaram as colónias e mataram muitos dos colonos. A Federação rapidamente percebeu que os Deathcula eram tecnologicamente superior e as suas forças foram irremediavelmente superadas. Para conseguirem sobreviver, o Dr. Charles Leverre desenvolve uma nave transformável conhecida como o Bismarck.

Kenzou Tenma tem uma habilidade inacreditável como cirurgião cerebral, uma noiva linda e rica e uma promissora carreira. Entretanto, após ficar desiludido com as políticas impostas em seu hospital, decide salvar a vida de um jovem garoto que foi baleado na cabeça a salvar a vida do prefeito da cidade, já que o garoto havia chegado primeiro, contrariando o alto escalão do hospital. Por conseqüência, perde o apoio que tinha do diretor do hospital, assim como sua posição no hospital e sua noiva. Pouco tempo depois, o diretor do hospital e os médicos que o substituíram são misteriosamente assassinados e mais uma vez ele volta para o topo onde estava. Mas como suspeito de chefiar os assassinatos, Tenma inicia um processo para limpar seu nome e corrigir os erros do passado, indo ao fundo desses e outros assassinatos e investigar a verdade atrás do monstro por de trás de tudo isso.