A história começa com a fuga de Lucy, uma Diclonius poderosa, de uma ilha, um centro de pesquisas, fortemente protegido por gente armada, com uma instalação científica enorme.Na tentativa de impedi-la, um atirador acaba acertando seu capacete e a derruba no mar.Depois ela é encontrada por Kouta e sua prima, Yuka, sem roupas, sem memória alguma, com comportamento de uma criança pequena e a única coisa que conseguia falar era Nyuu.Por ela só saber falar isso, eles acabam chamando-a de Nyuu mesmo.Depois ela acaba indo morar com Kouta, numa antiga pensão fechada, que ele havia alugado para morar enquanto estudava na universidade.Enquanto isso, o pessoal que trabalha no laboratório está desesperado atrás de Lucy, e enviam assassinos profissionais e outras Diclonius atrás dela.

O ano é 202X — um futuro muito além de Initial D. Com o advento dos carros autopilotados no Japão, as rodovias públicas passaram a ser usadas para provas de automobilismo, com destaque para a competição global MFG, que convida Porsche, Ferrari, Lamborghini e outras marcas para competir com suas melhores máquinas. E é nessa competição que Kanata Rivington, um estudante de uma escola de pilotagem britânica, retorna ao Japão para alcançar seu objetivo.