Um número muito reduzido de adolescentes possui poderes sobrenaturais. No entanto, todos esses poderes são imperfeitos, tendo, por isso, uma utilidade muito limitada. Otosaka Yuu é um desses jovens e usa a sua habilidade de possuir outras pessoas por cinco segundos para ter uma vida escolar satisfatória e entrar numa escola prestigiosa, possuindo os melhores alunos e copiando-os. Contudo, certo dia é denunciado por Tomori Nao, que também possui poderes e é presidente da Associação de Estudantes da Academia Hoshinoumi, instituição destinada àqueles com habilidades sobrenaturais. O seu encontro leva Yuu a transferir-se para a Academia Hoshinoumi e, assim, a descobrir o duro destino daqueles que possuem poderes.

Não muito tempo depois da batalha entre os Cavaleiros e Poseidon, o deus do Mundo dos Mortos, Hades, é ressuscitado e parte para matar Atena e dominar o mundo. Com a ajuda dos Cavaleiros de Ouro e Prata ressuscitados, Hades envia seu exército para atacar o Santuário e capturar Atena. Agora Seiya e seus companheiros Cavaleiros de Bronze entram nesta batalha proibida que será a mais feroz de todas, a Guerra Santa de Atena contra Hades.