Edward e Alphonse Elric são dois irmãos dotados da capacidade da alquimia, a ciência de pegar uma coisa e transformá-la em outra. No entanto, a alquimia trabalha com a teoria da troca equivalente - para que algo seja criado, algo mais de igual valor deve ser sacrificado. Quando a mãe deles morre, Edward decide fazer o impensável - trazendo-a de volta à vida quebrando um dos maiores tabus da Alquimia e realizando Alquimia Humana. Pensando que eles não têm mais nada a perder, ele e Alphonse tentam - mas algo dá terrivelmente errado. No processo, Alphonse perde seu corpo e Edward perde a perna. Ed consegue salvar Al anexando seu espírito a uma armadura, mas ao custo de seu braço e perna.

The Twelve Kingdoms conta a história da esforçada estudante Yoko Nakajima, que tenta levar uma vida normal, mas com seus freqüentes pesadelos e os cabelos vermelhos, sofre por não se sentir parte da turma. Um estranho homem chamado Keiki se apresenta para Yoko, lhe promete lealdade e a leva, juntamente com duas colegas de classe, para um outro mundo, onde a protagonista descobre que é rainha do reinado de Kei. Lá elas se perdem de Keiki e o status de ‘Kaikyaku’ (pessoas vindas da Terra) as tornam fugitivas. Yoko começa então sua jornada de espionagem, terror e traição na terra dos 12 reinos. A mística desta dúzia de reinos assombra a personagem principal com um desafio após o outro. (Fonte: Animax)