A história tem lugar em Tokyo no ano de 2039. Depois do surto do vírus "Lost Christmas” em 2029, o Japão começou a ser controlado por GHQ (uma organização internacional). Ohma Shu é um rapaz de 17 anos, com poderes psíquicos na sua mão direita. Esses poderes são chamados de "Ability of King” que permite extrair armas ou ferramentas dos seus amigos. Desde então tem evitado meter-se em problemas, até que um dia conhece uma rapariga chamada Yuzuriha Inori, membro dos "Coveiros” (guerrilha da oposição).

Ouri Kagami e um jovem colegial que vive no templo de Keisen Tagami, ele sempre tratou o Keisen (Dono do templo) como seu próprio irmão mesmo que eles não tento nenhum laço sanguíneo, Ouri por algum motivo pode ver e falar com um gato fantasma que sempre o leva para lugares onde existam Shikabanes (cadáveres), em uma noite o gato aparece no seu quarto e o leva ate o salão principal do templo e la ele encontra um jovem garota morta, de repente ele escuta alguns barulhos e decide se esconder.

Dois irmãos perdem a sua mãe devido a uma doença incurável. Com o poder da alquimia, usam um conhecimento proibido para a ressuscitar. O processo falha e como consequência dos seus actos, Edward Elric sacrifica o seu braço direito para afixar a alma do irmão a uma armadura. Com a ajuda de amigos da família, Edward recebe próteses metálicas para substituir os membros que perdeu. Com isso, Edward compromete-se a procurar a Pedra Filosofal para recuperar os seus corpos originais mesmo que isso signifique tornar-se num Alquimista Nacional.

Depois de os sete robôs mais evoluídos do mundo e os seus aliados humanos serem assassinados um a um, o inspetor Gesicht descobre que também corre perigo.