A história tem lugar em Tokyo no ano de 2039. Depois do surto do vírus "Lost Christmas” em 2029, o Japão começou a ser controlado por GHQ (uma organização internacional). Ohma Shu é um rapaz de 17 anos, com poderes psíquicos na sua mão direita. Esses poderes são chamados de "Ability of King” que permite extrair armas ou ferramentas dos seus amigos. Desde então tem evitado meter-se em problemas, até que um dia conhece uma rapariga chamada Yuzuriha Inori, membro dos "Coveiros” (guerrilha da oposição).

Okazaki Tomoya é um delinquente que vê a vida como enfadonha e, juntamente com o seu amigo, Youhei Sunohara, pretendem baldar-se às aulas e aproveitar a vida de estudantes. Porém, um dia, este depara-se com uma estranha rapariga aclamando "Pão doce!" numa colina em direção à escola. A atitude sem precedentes desta rapariga, Nagisa Furukawa, desperta o interesse do nosso protagonista e esta acaba por lhe contar que possui um certo objetivo em mente. Contudo, a vida é feita de obstáculos e, com a aparição de quatro personagens, Tomoya aperceber-se-á disso. Qual será o objetivo de Nagisa? Que obstáculos esperam o nosso duo? Quem são estas quatro personagens?

O Japão criou um exoesqueleto poderoso e armado designado de "Infinite Stratos” (IS), que se tornou no centro da indústria de armas. Como apenas as mulheres podem operar os IS, dominam a sociedade sobre os homens. Orimura Ichika é um rapaz de 15 anos que acidentalmente toca num IS presente na escola de treino de pilotas de IS. Ele acaba por se tornar no único homem capaz de operar um IS e é forçado a entrar na escola de treino. A dura vida escolar do Ichika rodeada de mulheres acaba de começar.

Mikoto usa a habilidade para controlar eletricidade para ajudar a manter a ordem na Cidade Académica, onde a maioria dos habitantes é composta por alunos com dotes místicos.

Dois irmãos perdem a sua mãe devido a uma doença incurável. Com o poder da alquimia, usam um conhecimento proibido para a ressuscitar. O processo falha e como consequência dos seus actos, Edward Elric sacrifica o seu braço direito para afixar a alma do irmão a uma armadura. Com a ajuda de amigos da família, Edward recebe próteses metálicas para substituir os membros que perdeu. Com isso, Edward compromete-se a procurar a Pedra Filosofal para recuperar os seus corpos originais mesmo que isso signifique tornar-se num Alquimista Nacional.