A fantasia sombria segue o estudante do segundo ano do ensino secundário chamado Akihito Kanbara. Embora a sua aparência seja a de um humano, na verdade ele é metade Youmu e invulnerável aos ferimentos, uma vez que consegue curar-se rapidamente. Um dia, Akihito encontra a caloira Mirai Kuriyama quando parece que esta se vai atirar do telhado da escola. A Mirai é uma rapariga isolada devido à sua habilidade em controlar o sangue, algo único, mesmo entre os membros do mundo espiritual. Eventos perturbadores começam a acontecer após Akihito salvar Mirai.

A história desenrola-se um ano após os acontecimentos do final da série/1º filme. Mirai perdeu a sua memória, bem como todas as lembranças que envolviam Akihito. Numa tentativa de se lembrar quem é, uma nova ameaça surge tendo-a como alvo. Akihito, mais uma vez, lutará juntamente com os seus amigos para proteger Mirai. Será que Mirai irá recuperar a sua memória?

A amizade de Mizore Yoroizuka e Nozomi Kasaki começa a mudar quando as duas são introduzidas ao conto de fadas "Liz e o Pássaro Azul". Apesar de terem personalidades bastantes distintas, as duas passam a maior parte do tempo juntas e possuem laços muito estreitos, fortalecidos pelo tempo que compartilham treinando para a banda da escola, da qual as duas são integrantes. No entanto, a imersão na trama do conto levará as duas a refletirem sobre os motivos dessa amizade.

Recapitulação da primeira temporada. Depois de abandonar a música devido a um incidente na competição regional de bandas de metais do ensino médio, o eufonista Kumiko Oumae entra no ensino médio esperando por um novo começo. Por vontade do destino, ela acaba sendo cercada por pessoas interessadas na banda de música do colégio. Kumiko encontra a motivação que precisa para fazer música mais uma vez com a ajuda de seus companheiros de banda, alguns dos quais são novos como o tubista novato Hazuki Katou; a contrabaixista veterana Sapphire Kawashima; e o vice-presidente da banda e também eufonista Asuka Tanaka. Outros são velhos amigos, como o amigo de infância de Kumiko e trombonista que virou trombonista Shuuichi Tsukamoto, e o trompetista e colega de banda do ensino médio, Reina Kousaka. No entanto, na própria banda, o caos reina supremo.

Recapitulação da 2ª temporada. Após o sucesso na fase de qualificação para a competição regional de Kansai, os membros da banda de concerto da Kitauji High School voltaram-se para a próxima apresentação. Aproveitando ao máximo as férias de verão, a banda participa de um acampamento onde são instruídos por seu conselheiro Noboru Taki e seus amigos, que ganham a vida como músicos profissionais. Kumiko Oumae e seus amigos continuam determinados a obter o ouro na competição de Kansai, mas surgem problemas quando um aluno que uma vez saiu da banda mostra interesse em voltar e desperta memórias desagradáveis ​​para os membros do segundo ano. Kumiko também aprende sobre o surpreendente passado de seu professor e a motivação por trás de seu desejo de liderar a banda à vitória. Alcançar os nacionais exigirá muito trabalho, e a convicção inflexível no compromisso de cada aluno com a banda será posta à prova.

Kumiko está agora no segundo ano e é um dos jogadores mais experientes da seção de euphonium. Com novos alunos ingressando na banda de concerto, Kumiko terá que aprender coisas novas para lidar com alunos difíceis e estranhos. Ela e o trompetista do terceiro ano Tomoe Kabe foram escolhidos para liderar os novos membros do underclassmen. Entre os novos membros da seção de baixo de Kumiko estão o eufonista Kanade Hisaishi, cujas aparições enganam; a tocadora de tuba Mirei Suzuki, que não consegue se adaptar ao novo ambiente; o jogador de tuba Satsuki Suzuki, que quer se dar bem com Mirei; e o contrabaixista Motomu Tsukinaga, que não consegue falar sobre si mesmo. Entre o Sunrise Festival, as audições para colocação de cadeiras e a competição, vários problemas começam a surgir rapidamente.