Ilha dos Cães conta a história de Atari, um miúdo de 12 anos sob a tutela de Kobayashi, o corrupto presidente da câmara. Quando, por decreto executivo, todos os animais de estimação caninos da cidade de Megasaki são exilados para uma vasta lixeira chamada Ilha do Lixo, Atari parte sozinho num turboélice miniatura e atravessa o rio à procura do seu cão de guarda, Spots. Nessa ilha, com a ajuda de uma matilha de rafeiros, começa uma jornada épica que irá decidir o destino e o futuro de toda a cidade.