Na trama, ambientada no Japão feudal, um senhor assassina e estupra inocentes protegido pela lei. Para impedi-lo surge a força secreta dos misteriosos 13 assassinos, cada um com uma habilidade singular, dispostos a uma missão suicida para acabar com o mal. Remake do filme de samurai homônimo de 1963 de Eiichi Kudo.

Genji e sua vitoriosa instituição encontram-se diante de um novo desafio lançado pelos alunos da temida Academia Hosen, que levam o nome de “The Army of Killers” As duas escolas, sempre tiveram uma história de sangue, entre si. O ódio está prestes a romper novamente e isto pode acabar com os últimos remanescentes da trégua que haviam observado até agora.

Após a morte de um amigo a serviço do rei, um órfão de guerra empunha sua espada e jura fazer justiça devolvendo o poder ao monarca deposto.

Em 1879, Kenshin e os seus aliados enfrentam o seu mais difícil desafio até à data: a vingança de Enishi Yukishiro, o seu antigo cunhado, e os sequazes dele.