A história acompanha Ataru, um jovem que é escolhido para participar de um duelo contra a raça alienígena que está invadindo a Terra e salvar o planeta. Contrariando as expectativas, Ataru acaba vencendo e recebe o direito de se casar com Lum, a filha do líder dos invasores. Lum então passa a viver com Ataru, que agora precisa lidar com esse problema enquanto tenta manter seu namoro com Shinobu Miyake.

O sobrenaturalmente dotado jovem Touma alia-se à freira Index contra forças malignas que buscam poderosos textos mágicos implantados na mente de Index.