A guerra entre o clã Heike e o clã Genji continua. Desta vez, Nozomi tem que lutar contra um poderoso inimigo sobrenatural e fazer uma escolha: proteger seus amigos e ficar ao lado de Kurou, ou escolher seu primeiro amor, Masaomi, que é o líder dos Heike, e seu inimigo.

Após os acontecimentos de Digimon Adventure 02, tudo está finalmente voltando ao normal. Até que um ícone estranhamente familiar começa a mostrar-se em sistemas de computadores ao redor do Japão. E não apenas os sistemas de computador ... TVs, celulares, jogos de vídeo; qualquer coisa com uma tela com recursos on-line. E este ícone parece estar procurando por alguém ... Yagami Taichi, e Ishida Yamato, que o derrotou vários anos antes. Então percebe-se que este digimon é, de fato Diablomon, o tipo de vírus Digimon que foi derrotado em "Bokura no War Game". Mas desta vez, ele aprendeu a tornar-se físico, e está enviando milhares de cópias de si mesmo para o mundo real.

Em 2012, após os eventos de Digimon Adventure: Last Evolution Kizuna, os DigiDestined do início da idade adulta – Daisuke, Miyako, Iori, Takeru Takashi, Hikari e Ken – devem conciliar suas novas responsabilidades com seus parceiros Digimon. Mas Rui Owada, um jovem misterioso, aparece, afirmando ser o primeiro humano a fazer parceria com um Digimon-Ukkomon. Será que Rui foi mesmo o primeiro DigiDestined?

Tai é agora um estudante universitário, vive sozinho, trabalha duro na escola, e trabalha todos os dias, mas com o seu futuro ainda indeciso. Enquanto isso, Matt e outros continuam a trabalhar em incidentes e atividades digimon que ajudam as pessoas com o seu parceiro Digimon. Quando um fenómeno sem precedentes ocorre, o DigiDestined descobre que quando crescerem, a sua relação com o seu parceiro Digimon chegará ao fim. À medida que um temporizador de contagem regressiva se ativa no Digivice, eles percebem que quanto mais lutam com o seu parceiro Digimon, mais rápido a sua ligação quebra. Vão lutar pelos outros e perder o parceiro? O tempo para escolher e decidir está se aproximando rapidamente. Falta pouco tempo para que as "crianças escolhidas" se tornem adultos. Esta é a última aventura de Tai e Agumon.