Um jovem motociclista tropeça numa motocicleta protótipo, com uma função oculta e que tem uma ligação com a verdadeira natureza de seu mundo.

Após uma explosão repentina na ilha "Edge of Ocean" em Tóquio, Tōru Amuro, nome de código Zero, começa a investigar. Enquanto isso, o detetive Kogorō é preso como suspeito, então Conan Edogawa conduz a sua própria investigação para provar a sua inocência, mas Amuro metesse no seu caminho.

Doraemon, Nobita, Shizuka, Gigante e Suneo partem numa aventura no Mar das Caraíbas. Nobita é o capitão de um navio e luta contra os seus inimigos a bordo. Shizuka é raptada, e uma tempestade impede a sua viagem. Mini-Dora ajuda Nobita e amigos na sua viagem. Quando os aventureiros finalmente encontram a misteriosa Ilha do Tesouro, descobrem que é mais do que uma ilha comum.