Um número muito reduzido de adolescentes possui poderes sobrenaturais. No entanto, todos esses poderes são imperfeitos, tendo, por isso, uma utilidade muito limitada. Otosaka Yuu é um desses jovens e usa a sua habilidade de possuir outras pessoas por cinco segundos para ter uma vida escolar satisfatória e entrar numa escola prestigiosa, possuindo os melhores alunos e copiando-os. Contudo, certo dia é denunciado por Tomori Nao, que também possui poderes e é presidente da Associação de Estudantes da Academia Hoshinoumi, instituição destinada àqueles com habilidades sobrenaturais. O seu encontro leva Yuu a transferir-se para a Academia Hoshinoumi e, assim, a descobrir o duro destino daqueles que possuem poderes.

A obra mostra a história dos estudantes Miyuki Shirogane e Kaguya Shinomiya, os dois são considerados como o casal perfeito pelos outros alunos da escola Shuchiin mesmo não sendo namorados. Mas, após passarem tanto tempo juntos, Miyuki e Kaguya acabam por se apaixonar e como eles consideram este sentimento uma fraqueza os dois iniciam uma guerra onde o perdedor irá confessar os seus sentimentos primeiro.

À primeira vista, a extremamente popular Hori-san parece uma fervorosa estudante do ensino secundário, mas, na realidade, é simples, pragmática e voltada para a família. Pelo contrário, Miyamura-kun, um rapaz de óculos, que aparenta ser um fanboy normal, com ar sombrio, é na verdade um jovem atrativo, com tendência para ser um “bad boy”, estando coberto de piercings e tatuagens. Quando os dois colegas inesperadamente parecidos, têm um encontro aleatório fora da sala de aula, um conto da vida escolar doce e animado começa!

Monstros são reais e querem namorar conosco! Há três anos o mundo descobriu que harpias, centauros e todo tipo de criatura fabulosa não são apenas ficção. Elas são de carne e osso, isso para não mencionar escamas, penas, chifres e presas. Graças ao "Ato de Intercâmbio Cultural Entre as Espécies", essas criaturas antes míticas foram assimiladas à sociedade, ou ao menos estão tentando. Quando um humano infeliz chamado Kurusu Kihimitsu é introduzido como voluntário no programa do governo, seu mundo é virado do avesso. Uma lâmia tipo cobra chamada Miia vem viver com ele e o trabalho de Kurusu é cuidar dela e integrá-la à sua vida. Infelizmente para Kurusu, Miia é irresistivelmente sensual e a lei de anti-cruzamento entre espécies é muito severa. Pra piorar, quando uma linda garota centauro e uma harpia sedutora se mudam para a casa dele, o que um jovem com sangue fervente e hormônios enlouquecidos pode fazer?

No ano de 2022, finalmente é possível criar um mundo virtual dentro de um jogo graças à consola NerveGear e ao seu mais recente jogo, Sword Art Online, um MMORPG de realidade virtual. No entanto, passado algum tempo de entrarem no jogo, os jogadores de SAO descobrem que não conseguem sair do jogo. É então que o criador do jogo, Akihiko Kayaba, lhes diz que estão presos dentro do jogo e que, se morrerem lá, morrem também na vida real. A única maneira de todos os 10 mil jogadores presos dentro do jogo saírem de lá, é chegando ao 100º e último andar e derrotando o último boss.

Mikoto usa a habilidade para controlar eletricidade para ajudar a manter a ordem na Cidade Académica, onde a maioria dos habitantes é composta por alunos com dotes místicos.